Las colecciones por tema del Centro de Historia de San Francisco constan de fotografías y obras en papel, desde la década de 1850 al presente. Estas colecciones incluyen vistas de San Francisco de escenas callejeras. Una gran parte de esta colección consta de la morgue de fotografías de anuncios del periódico San Francisco News, de la década de 1920 a 1965, cuando la colección fue donada a la biblioteca. Estas listas incluyen fotografías y obras en papel que no han sido digitalizadas.
La colección por tema de San Francisco está organizada alfabéticamente por materia. Dibujos lineales de San Francisco consta de obras en papel. Usa las guías para pedir fotografías y obras en papel durante las horas al público del escritorio de fotos. Miles de las fotografías en la guía de materias han sido sumadas a la base de datos en línea. Empieza con una búsqueda de palabras claves en la base de datos.
