La biblioteca de la Misión es la primera sucursal bibliotecaria del sistema de la Biblioteca Pública de San Francisco. Abrió sus puertas por primera vez en 1888/9 en un local comercial a dos cuadras de su actual ubicación. El incendio que siguió al terremoto de 1906 destruyó la biblioteca Central y ocho sucursales, pero se paró a cuatro cuadras al norte de la biblioteca de la Misión. Fue una de las cuatro sucursales que sobrevivió al terremoto.
En 1914 comenzó la construcción del actual edificio de la biblioteca bajo la dirección del arquitecto G. Albert Lansburgh. El filántropo Andrew Carnegie financió la construcción del edificio con 50,876.65 dólares y la biblioteca volvió a abrir sus puertas en diciembre de 1915.
En 1997 se realizó una importante obra de renovación para actualizar la seguridad antisísmica, el sistema eléctrico, la calefacción y el tejado. Se renovó la 1ª planta pero se conservó la 2ª planta así como la fachada, la entrada principal está ahora en la calle Bartlett. La biblioteca de la Misión reabrió sus puertas en mayo de 1999.
Interior de la Biblioteca de la Misión, ca. 1916